Phylogenetic Analysis

There are several software that are needed to be downloaded.

1. BioEdit Sequence Alignment Editor was used to align forward and reverse sequences for sequence clean-up. The reverse sequences was set to reverse complement, grouped together with the forward sequences, align together using the pairwise alignment (optimal GLOBAL alignment), delete sequence where appropriate based on chromatogram and saved as FASTA files. Then, all the cleaned sequences for tetragnathid species with the downloaded selected tetragnathid species and two out-group sequences from genbank were saved as into one file as FASTA. 

2. Clustal X program was used for multiple sequences alignment and saved as NEXUS. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (PAUP) software was used to elucidate the phylogenetic relationships between the tetragnathid species.

3. The PAUP software was keyed as follows:

a.       Neighbor-joining (NJ):

begin paup; log start file=NJ.log; outgroup 50;  set criterion=distance increase=auto;  dset distance=K2P; NJ treefile=NJ.tre; set autoclose=yes; bootstrap nreps=1000 search=NJ treefile=NJBt.tre; log stop; end

b.      Maximum Parsimony (MP):

begin paup; log start file=MP.log;  set criterion=parsimony; set autoclose=yes; set root=outgroup;  outgroup 50; set increase=auto; hsearch swap=tbr start=stepwise addseq=random nreps=100 hold=1; contree; set storebrlens=yes; bootstrap nreps=1000 treefile=COI/18S.tree search=heuristic / swap=tbr start=stepwise addseq=random nreps=1 hold=1; savetrees from=1 to=1 file=COI/18S.cb.pa.tree.nex format=altnex brlens=yes savebootp=nodelabels maxdecimals=0; pscores / tl ci ri rc hi; log stop; end;

c.       Maximum Likelihood (ML):

For COI: begin paup; log start file=ML.log; set autoclose=yes; set criterion=likelihood; set root = outgroup; outgroup 50; set storebrlens=yes; set increase=auto; Lset  Base=(value)  Nst=value  Rmat=(value)  Rates=type Shape=value  Pinvar=value; bootstrap nreps=100 search=heuristic/ addseq=random swap=tbr hold=1; contree; savetrees from=1 to=1 file=COI/ML.cb.mlb.tree.nex format=altnex brlens=yes savebootp=NodeLabels MaxDecimals=0; log stop; end;

d.      d. Genetic distance

Begin paup; dset distance=p; showdist; savedist format=nexus file=P_dist.nex; dset distance=p; showdist; savedist format=onecolumn file=P_dist1.txt; end;

    

University of Malaya Biodiversity Week 2014

UM Biodiversity Week 2014 dianjurkan oleh UMCares pada 27-31 October 2014 . Objektif utama ialah untuk memupuk kesedaran di kalangan warga universiti mengenai kepentingan menjaga alam sekitar.

Antara aktiviti utama yang dinantikan ialah forum 'Ekologi' yang memaparkan 3 panelis iaitu Dr Azmi Sharom (undang-undang alam sekitar), Dr Lim Boo Liat (Ekologi Hidupan Liar) dan Mr Giovanni Galuzzo (Reka Bentuk Pembolehbaharuan Ekologi Mampan).

Forum ini diadakan di Rimba Ilmu Universiti Malaya

Sebelum forum ini bermula, saya berkesempatan berbual bersama Dr. Lim Boo Liat sekitar 30 minit. Saya amat tertarik dengan nasihat beliau. Antaranya:

1. Sama-sama berkongsi dan berlajar untuk mengeluarkan hasil daripada ilmu yang dibincangkan dan tidak ada jurang di antara kita terutamanya pelajar dan pensyarah

2. Teritori dalam bidang masing-masing tidak akan memberi sebarang manfaat kepada diri sendiri mahupun masyarakat, maka galakkanlah lebih ramai orang menceburi bidang kita daripada menghalangnya. Hanya dengan cara ini barulah hasil ilmu akan lebih berbuah.

3. Apabila membuat penyelidikan yang berimpak tinggi, 3 tahun pertama adalah pengumpulan data, dan tahun-tahun berikutnya baru boleh menulis artikel yang lebih berkualiti. 

4. Jika ingin mengumpul kepelbagaian biodiversiti pada sesuatu kawasan, 70% species akan berjaya diperolehi dengan adanya kerja lapangan selama 2 minggu dalam 4 kali setahun (cth: Januari, April, Ogos, December).

5. Menghargai setiap orang yang membantu kita termasuk orang asli, pelajar, buruh dan orang bawahan. Jangan ingat kita lebih tinggi dan bagus daripada mereka kerana kita tidak mampu untuk tahu semua perkara.

Selepas selesai forum tersebut dan ingin balik, saya bergegas untuk bersalaman dengan panelis dan Dr. Lim Boo Liat berpesan kepada saya iaitu "tolong tulis lebih banyak buku untuk masyarakat kita".